사업자등록 전 매입세액 공제받을 수 없나요?

상가주택을 새로 신축해 임대업을 할 경우 건축비를 매입세액으로 공제받는 방법은 없을까  이처럼 오랜 기간이 소요되는 사업일 경우 사업자등록 신청의 기간에 따라 그 환급액의 액수가 크게 달라진다.

평생을 교육에 몸 바쳐 오다 정년퇴직한 오신중 씨는 현재 살고 있는 주택을 5층짜리 상가주택으로 신축해 그 임대료로 노후생활을 하려고 합니다. 그래서 건축업자와 건축비는 총 6억원으로 하되, 2005년 3월 계약 시 1억원, 7월 중도금으로 2억원, 11월 건물이 완공되었을 때 3억원을 지급키로 계약을 체결했습니다. 예정대로 2005년 11월 건물이 준공되었고, 상가를 임대하기 시작하면서 사업자등록을 신청했습니다. 공사비 잔액 3억원을 지급하면서 세금계산서(공급가액 6억원, 부가가치세 6천만원)도 교부받았습니다.
2006년 1월 부가가치세 신고를 하면서 5천9백만원의 환급신고를 했으나, 세무서에서는 계약금 및 중도금 지급분에 대한 매입세액 3천만원은 공제를 받을 수 없으므로 잔금 부분만 매입세액을 인정해 환급을 해 주겠다고 합니다. 오신중 씨는 계약금 및 중도금에 대한 매입세액 3천만원을 환급 받을 수 없는 것일까요

등록신청일 역산 20일 이내만 공제
부가가치세법에서는 사업자등록을 하기 전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않습니다. 하지만 예외적으로 등록신청일로부터 역산하여 20일 이내의 매입세액은 공제할 수 있다고 규정하고 있습니다.
위 사례의 경우 오신중 씨는 사업자등록증을 발급 받고 난 후에 건축업자로부터 공사금액 전액에 대해 한 장짜리 세금계산서를 교부받았습니다. 그러나 오신중 씨가 건축업자와 계약한 것은 중간지급조건부 용역계약에 해당되므로 계약금, 중도금 및 잔금을 지급할 때마다 각각 세금계산서를 교부받았어야 했습니다.
중간지급조건부 용역의 공급이란 용역의 제공이 완료되기 전에 계약금 이외의 대가를 나누어서 지급하는 경우입니다. 계약금을 지급하기로 한 날로부터 잔금을 지급하기로 한 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우를 말합니다. 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 용역의 공급시기로 보므로, 이 때에 세금계산서를 발행ㆍ교부해야 합니다.

장기간 소요되는 사업 땐 미리 등록
따라서 계약금 및 중도금 지급분에 대한 매입세액은 사업자등록을 하기 전의 매입세액으로 사업자등록신청일로부터 4개월 이상이 지났으므로 매입세액을 공제 받을 수 없습니다. 이와 같은 불이익을 당하지 않기 위해서는 사업 준비에 장기간이 소요되는 사업의 경우, 실지로 사업을 개시하기 전이라도 사업 준비를 시작할 때 미리 사업자등록을 해 두어야 합니다.

<출처 : 국세청 홈페이지>